不都合は、恐らく全てUAC(User Account Control)絡みですね。
 証明書のないアプリをスタートアップさせたい。日本語化のパッチが弾かれる。今まで使ってた古いアプリが使えない、辺りですかね。今のところUACを切る気は全く無いので、対応したアプリに順次切り替えていくか、代替案を考えるしかありませんね。
 使い勝手は、「クラシックに戻さなくてもいいかなぁ」と思える程度。XPの時は、速攻でLunaを切りましたが、Aeroはもう少し頑張れそうです。ただ、ちょっと小難しいことがあれば、それを出来るだけ隠そう、目立たなくさせようとしている風で(例えば、オプションメニューとか)、友人に言わせると、「かゆくない所にしか手が届いてない」だそうです。私はそこまでとは思いませんが、そう思う気持ちは分かります。
 私が必要とする主要なアプリは、8割程度Vista対応済み(もしくはそのままで稼働)なので、このままメイン環境がVistaでも問題ないレベルまで来てしまいました。素晴らしい。
 たまにゴミ箱がデスクトップから居なくなるのは、愛嬌でしょうか?